SYMMETRY

Míg a betegek közötti heterogenitás (tumorok közötti heterogenitás) köztudottan befolyásolja a rákterápia hatékonyságát, a legtöbb személyre szabott kezelési megközelítés nem veszi figyelembe a tumoron belüli heterogenitást (intra tumor heterogenety – ITH). Az új egysejt alapú omikai vizsgálatok most először biztosítanak lehetőséget a genetikai és nem genetikai ITH molekuláris kimutatására és jellemzésére. Nyirokcsomó-biopsziákból származó, életképesen lefagyasztott sejteket használunk a limfóma szubpopulációk és sejtes mikrokörnyezetük alapos jellemzésére. Kiindulópontként a CITE-Seq-et használjuk, amely egyszerre jellemzi az egyes sejtek transzkriptumát és felszíni proteomját, nagy felbontásban feltárva az ITH-t. A különböző limfóma alpopulációkat CITE-Seq-alapú áramlási citometriával izoláljuk, majd genom szekvenálást, mély proteomikát és ex vivo gyógyszerérzékenységi profilt elemezzük. Ezeket a multi-omikai adatokat fogjuk felhasználni az ITH vizsgálatához szükséges jellemzők minimális számának meghatározásához. Ezt a minimális markerkészletet az ITH nyomon követésére használják formalinban fixált paraffinba ágyazott (FFPE) szövetben multiplex immunfluoreszcenciával, amely sikeres esetben lehetővé teszi az ITH klinikai rutin mintákban történő vizsgálatát.

A SYMMETRY konzorciumban a Single-cell technologies Kft. a keletkezett adatokat egy olyan automatizált képelemző módszertan kidolgozására fogjuk felhasználni, amely megbecsüli az ITH mértékét a rutin klinikai mintákban, és amely alkalmas a limfómás betegek strategizálására. Eredményeink bemutatják majd, hogyan lehet felülemelkedni a modern egysejtes technikák korlátozott alkalmazhatóságán a diagnosztikai jellegű biopsziákban, és elősegítik a rákos betegek strategizáló eszközeinek fejlesztését.